A partir de la federalización de la ciudad de Buenos Aires en 1880 y la fundación de la ciudad de La Plata como nueva capital de la provincia en 1882, el gobierno provincial dispuso el traslado de las colecciones de Moreno a esta ciudad en junio de 1884 y la construcción de un edificio que la albergara, cuya obra comenzó en octubre de ese mismo año. Fue entonces cuando Moreno también donó 2.000 volúmenes de su biblioteca particular.
La construcción del museo concluyó en el año 1889, aunque su apertura al público se realizó unos meses antes, el 19 de noviembre de 1888, en el sexto aniversario de la fundación de la ciudad. En el año 1906, meses después de la nacionalización de la Universidad Nacional de La Plata, y siendo el reorganizador de la universidad Joaquín V. González, el museo pasa a formar parte de la misma, incorporándose actividades de docencia e investigación. Es entonces que Moreno abandona la dirección del museo por estar en desacuerdo con la nueva orientación que esa incorporación significaba: las instalaciones debieron reducirse, parte de la biblioteca se distribuyó en otras universidades y la imprenta y los terrenos adyacentes quedaron en propiedad de la provincia. En los planes de la nueva organización se preveía entre otras cosas una escuela de Ciencias Naturales, una de Ciencias Químicas y otra de Bellas Artes y Dibujo. Esto no favoreció al museo en sus primeros años de vida nacional pues las escuelas absorbieron la actividad de los profesores, decayendo entonces la labor científica, al realizarse muchas menos exploraciones e investigaciones.Para más información haga click aquí: Museo de Ciencias Naturales
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